Fenerbahçe Avrupa şampiyonlar liginde bu sezon işi zor  rakipleri Arsenal,Dinama Kiev gibi güçlü takımlar çıktı.

F.Bahçe,Avrupa Şampiyonlar Ligi'nde Arsenal, Porto ve Dinamo Kiev ile G Grubu'nda mücadele edecek. Fenerbahçe Şampiyonlar Ligi'ndeki ilk maçını 17 Eylül'de Porto ile deplasmanda oynayacak.
Grup maçları sonrasında 16 takımla sürecek ilk eleme turunda ilk maçlar 24-25 Şubat 2009, rövanş maçları ise 10-11 Mart 2009 tarihinde yapılacak. Şampiyonlar Ligi'nde çeyrek final ilk maçları ise 7-8 Nisan 2009, rövanş heyecanı da 14-15 Nisan 2009 tarihinde yaşanacak. Yarı final heyecanında ise
ilk maçlar 28-29 Nisan, finali belirleyecek olan rövanş maçları ise 5-6 Mayıs 2009 tarihlerinde oynanacak. Roma'da yapılacak olan final maçı ise 27 Mayıs 2009 tarihinde oynanacak ve şampiyon belli olacak.

17 Eylül Porto - Fenerbahçe
30 Eylül Fenerbahçe - Dinamo Kiev
21 Ekim Fenerbahçe - Arsenal
5 Kasım Arsenal - Fenerbahçe
25 Kasım Fenerbahçe - Porto
10 Aralık Dinamo Kiev - Fenerbaçe